Οι Πρυτάνεις είναι υπεύθυνοι για την εύρυθμη λειτουργία των Ιδρυμάτων και την τήρηση των νόμων» τονίζει το υπουργείο Παιδείας απαντώντας στην αποψινή ανακοίνωση της Συνόδου των Πρυτάνεων «Ο νόμος 4009/2011 ορίζει ότι οι εκλογές για τα Συμβούλια των Ιδρυμάτων οργανώνονται από οργανωτική επιτροπή αποτελούμενη από τέως Πρυτάνεις, τέως Αντιπρυτάνεις και Καθηγητές κατά σειρά αρχαιότητας» υπογραμμίζει το υπουργείο και σημειώνει: «Καμία εμπλοκή του Υπουργείου, σύμφωνα και με το Σύνταγμα, δεν είναι δυνατή στη σύνθεση της επιτροπής».